Michael Werner est historien. Après des études de littérature et d'histoire à Fribourg en Brigsau, Munich et Bonn, il est entré au CNRS en 1970 ,et en 1992 à l'Ecole des hautes études en sciences sociales (EHESS) où il enseigne l'histoire socio-culturelle des relations franco-allemandes. Il y a assuré jusqu'en 2012 la direction du Centre de Recherches interdisciplinaires sur l'Allemagne (UMR 8131 CNRS/EHESS). Historien de la culture, il a lancé, en collaboration avec Michel Espagne, le champ de recherche sur les transferts culturels. Avec Bénédicte Zimmermann, il a formalisé, à partir des années 2000, l'approche relationnelle de l'histoire croisée visant à appréhender des interactions socio-culturelles à géométrie variable et impliquant une multitude d'acteurs à des échelles différentes.
Depuis 1992, il est co-directeur de la Revue des Annales et, depuis 2002, directeur du Centre interdisciplinaire d'études et de recherches sur l'Allemagne (CIERA).