Né en 1954 à Nancy, Alain Michel a suivi un cursus d'histoire à la Sorbonne (Paris I), où il a soutenu un doctorat sur l'histoire du mouvement des Eclaireuses et Eclaireurs israélites de France. Il a ensuite étudié le rabbinat à l'institut Shechter d'études juives à Jérusalem.
Après avoir été l'un des responsables nationaux des EEIF et enseigné l'histoire à la yéshiva Etz Haïm et à l'école Torat Emet (Sarcelles), il a effectué son Alya en 1985. Collaborateur du rav Léon-Yehuda Askenazi (Manitou) au centre Yaïr de 1986 à 1990, il a également enseigné au lycée français de l'Alyat Hano'ar et 'Havat Hano'ar, et a créé et dirigé les séminaires d'enseignement de la Shoah en français à Yad Vashem.
De 1994 à 1996, il a été été en mission à Paris pour le compte du mouvement massorti, et a développé le mouvement de jeunesse de la communauté Adath Shalom. Parallèlement, il a été le rabbin de la communauté de Montmorency et a enseigné aux écoles Yavné et Lucien-de-Hirsch.
Après avoir été le rabbin de la communauté de Maccabim-Modiin, il est depuis 1999 le rabbin de la communauté massorti Maayanot située dans le quartier de Talpiot à Jérusalem.
Il enseigne également au Lycée des arts et des sciences (IASA), le lycée pour surdoués israéliens à Jérusalem. Il donne des conférences régulières à Yad Vashem, à l'Institut Rothberg de l'Université hébraïque, ainsi que dans plusieurs établissements chrétiens tels que la Communauté des Béatitudes et Ecce Homo.